Das System der Unionsmarke (UM) berührt nicht die nationalen Markensysteme der Mitgliedstaaten (bzw. das Benelux-Markenamt für Belgien, Luxemburg und die Niederlande). Unternehmen steht es frei, sich eine Marke nur auf nationaler Ebene, auf Unionsebene oder auf beiden Ebenen schützen zu lassen. Die zahlreichen in den Mitgliedstaaten bestehenden und eingetragenen nationalen Marken behalten weiterhin ihre Gültigkeit. Der Rückgriff auf den Schutz der Unionsmarke, ausschließlich oder in Verbindung mit einem nationalen Schutzrecht, hängt ganz von den Unternehmensstrategien des Markenanmelders bzw. -inhabers ab.

Der Vorrang eines älteren nationalen Schutzrechts oder eines Schutzrechts auf Unionsebene gilt gleichermaßen für nationale und Unionsmarken. Das Amt prüft solche älteren Rechte nicht aus eigener Initiative. Dies kann nur vom Inhaber eines älteren Rechts ausgehen, indem er innerhalb von drei Monaten nach Veröffentlichung der Anmeldung einer Unionsmarke Widerspruch einlegt oder nach der Eintragung der Unionsmarke einen Antrag auf Nichtigerklärung aufgrund relativer Nichtigkeitsgründe stellt.